À quoi sert le microbiote intestinal ?

L'alimentation conditionne le microbiote

Les bactéries constituent la forme de vie la plus primitive connue. De part leur extrême diversité, ces organismes unicellulaires ont été capables de coloniser tous les milieux. Notre système digestif ne fait pas exception, en particulier au niveau de l'intestin grêle et du colon où le microbiote intestinal forme un véritable écosystème. Les bactéries y jouent un rôle symbiotique et majeur, notamment pour les fonctions digestives.


Le rôle de la flore intestinale sur la digestion

La flore bactérienne forme un délicat équilibre qui dépend notamment de l'alimentation. En effet, les bactéries se nourrissent des composés présents dans leur biotope, c'est à dire dans l'intestin grêle et le colon. Nous élevons donc des colonies de bactéries, dont l'équilibre dépend de ce que nous mangeons.

Le microbiote, un véritable auxiliaire digestif

À travers leur propre métabolisme, les bactéries procèdent à la dégradation de molécules non digérées par les enzymes digestives : des polysaccharides comme l'amidon, mais aussi les lipides et les protéines non dégradées. Le microbiote joue ainsi le rôle de véritable auxiliaire digestif, et apporte un complément essentiel au système digestif humain et à son capital enzymatique.


L'activité bactérienne produit de nombreux métabolites nécessaires à l'organisme humain et qu'il ne sait pas produire seul : vitamines (groupe B, K ...), acides aminés (tryptophane, tyrosine, histidine ...), acides gras à chaîne courte (butyrate, acétate, propionate). Ces acides gras sont issus de la fermentation de molécules telles que les fibres, qui ne sont pas digérées par les enzymes humaines. Ils fournissent une source d'énergie, et sont impliqués dans de nombreux mécanismes de régulation métabolique.


Le microbiote soutient également le système digestif en favorisant l'absorption des minéraux, des acides gras et du bêta-carotène (provitamine A).

Flore intestinale et épithelium

En parallèle de ces fonctions digestives directes, la flore bactérienne est aussi impliquée dans le bon fonctionnement de la paroi intestinale. En effet, elle augmente la taille des villosité et des cryptes, maximisant ainsi la surface de contact de la muqueuse. Cela conduit à une amélioration des capacités d'absorption de l'intestin. Le microbiote stimule également le renouvellement des entérocytes et la production d'enzymes.



Le microbiote : un précieux allié pour la santé

L'action de la flore intestinale ne se résume pas à sa fonction digestive. En effet, elle assure également un important rôle de régulation et de protection.

La flore intestinale protège des agressions

Le microbiote joue un rôle capital sur la santé en inhibant la prolifération des virus, parasites et bactéries pathogènes. Le biotope étant déjà occupé par le microbiote, les intrus se trouvent en compétition avec les populations bactériennes en place. Les souches du microbiote, en surnombre face à l'agresseur, ne permettent pas à ce dernier de s'implanter.


La flore bactérienne protège également la muqueuse intestinale par effet de barrière. Les bactéries forment un film à la surface des cellules épithéliales, qui empêche physiquement les bactéries pathogènes d'atteindre l'épithélium et de s'y installer.

Le rôle du microbiote sur le système immunitaire

Le microbiote participe à la maturation du système immunitaire

Chez le nouveau né, le microbiote se met en place dans le système digestif par un ensemencement qui provient de la flore vaginale de la mère en premier lieu, puis de l'alaitement. Cette flore bactérienne naissante est une nouveauté pour le système immunitaire du nourrisson. Le microbiote joue alors un véritable rôle d'éducation du système immunitaire, en agissant comme un système de renseignement destiné à faire la différence entre les bactéries bénéfiques et délétères. C'est par ce biais qu'a lieu l'acquisition de tolérance du système immunitaire, qui permettra tout au long de la vie de reconnaître le microbiote comme un allié, en dépit de son statut de corps étranger.


Le microbiote appuie également le système immunitaire sur le plan chimique. En effet, les bactéries produisent des peptides, les bactériocines, qui assurent une fonction protectrice de part leurs propriétés antibiotiques. Ces bactériocines jouent un rôle important dans la compétition entre souches bactériennes. Elles peuvent être bactéricides ou bactériostatiques, c'est à dire respectivement capables d'éliminer certains micro-organismes, ou d'en inhiber la croissance. Les bactériocines assurent aussi un rôle de régulation du pH. Le microbiote agit également sur les cellules immunitaires, en stimulant la production de molécules protectrices comme les peptides antimicrobiens.

Les autres fonctions de la flore intestinale

La flore bactérienne agit comme un modulateur des éléments pharmacologiques ingérés. Elle permet par exemple l'activation ou la désactivation de substances médicamenteuses. La flore exerce également une forte action antitoxique. Elle appuie ainsi le foie dans sa fonction de nettoyage.


Le microbiote intestinal n'a pas encore livré tous ses secrets

Le microbiote constitue un écosystème d'une immense complexité, et il fait actuellement l'objet de nombreuses recherches. En effet, les progrès récents en matière de culture et d'étude des bactéries anaérobies strictes ouvre la voie à de nouveaux champs de recherche, qui révèlent peu à peu l'importance capitale de la flore bactérienne.


On peut citer par exemple un axe d'étude très intéressant : la capacité des bactéries à sécréter des neurotransmetteurs, et donc à communiquer directement avec l'organisme humain. Ces mécanismes restent mal connus à ce jour, mais certaines études récentes suggèrent que le microbiote est susceptible d'exercer une influence sur le comportement cognitif et affectif, sur l'état psychologique, ainsi que sur l'apparition de syndromes mal compris tels que l'autisme. Compte tenu du lien étroit entre l'alimentation et le microbiote, ces axes d'étude s'avèrent être des leviers de premier choix pour agir sur la santé et le bien être au moyen de la nutrition.

Dernière mise à jour : 25/05/2019

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Laurent Berta, nutritionniste
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